Patnácté a šestnácté století byly ve znamení volání po obnově církve. Kritika zaznívala nejen z kruhů laických, ale především z řad duchovních a požadavek církevní reformy tvořil jeden z hlavních bodů již na koncilech v Kostnici (1414 – 1418) a v Basileji (1471). O částečných pokusech o reformy lze hovořit i u „renesančních papežů“ Alexandra VI. a Julia II.
Reformace postavením Říma ovšem definitivně otřásla: pověstných pětadevadesát tezí o odpustcích, které Martin Luther podle legendy (rozšířené Filipem Melanchtonem roku 1546) přibil na dveře zámeckého kostela ve Wittemberku, čekalo na odpověď. Brzy již nešlo zdaleka jen o odpustkovou praxi, ale i o zpochybnění papežské moci i posvátné podstaty církve jakožto „společenství spásy“. Na říšském sněmu ve Wormsu (1521), kde proti sobě stanuli Luther a Karel V., podepsal císař edikt, na jehož základě byla na wittemberského reformátora a jeho stoupence uvalena říšská klatba. O osm let později se na říšském sněmu ve Špýru část stavů proti aplikaci wormského ediktu postavila: tak se zrodilo označení „protestanté“.
Koncil mezi reformou a reformací
Ale jasnou odpověď nejvyššího církevního úřadu na protestantskou reformaci přinesl až v polovině šestnáctého století dlouho očekávaný koncil v Tridentu. Co by mělo být jeho prvotní, hlavní náplní? Papež usiloval o vyjasnění otázek dogmatických, císař o reformu a sjednocení s protestanty. Během první fáze zasedání (1545 – 1548) koncil zavrhl protestantskou zásadu „sola Scriptura“ (jen Písmo), přičemž vyzdvihl důležitost tradice jako pramene víry. Zavržen byl i lutherský princip „sola gratia“ předpokládající vrozenou a absolutní zkaženost člověka, který může být spasen pouze milostí Boží. Na jaře 1549 ovšem přerušily zasedání koncilu (který byl přeložen do Boloně) epidemie a vojenské oddíly vzbouřených protestantských měst šmalkaldského spolku.
Tridentský koncil
Druhé zasedání koncilu v Tridentu bylo věnováno diskusím o eucharistii. Císař Karel V., vítěz nad šmalkaldskými, přiměl zástupce poražených protestantů k účasti na koncilu: doufal, že pro vzájemná jednání stále existuje společný prostor. Tato naděje se však brzy ukázala jako iluzorní. Podle instrukcí, s nimiž dorazili vyslanci některých německých států – Saska, Braniborska, Württemberska a svobodného města Štrasburku, měli být všichni biskupové zproštěni přísahy věrnosti papeži a měla být vyhlášena nadřazenost koncilu nad papežem. Jedním ze základních požadavků bylo rovněž odstranění papeže z předsednictví koncilu.
Část vyslanců nicméně obdržela zákaz ohlásit se u papežského legáta a sám papež další jednání o protestantských požadavcích zakázal. Tehdy bylo zasedání koncilu přerušeno po druhé, kvůli povstání německých knížat. Biskupové z německých zemí tak napříště definitivně vypadli z jednání, protože měli obavy opustit své statky. V roce 1555 uznal říšský sněm v Augšpurku luterství oficiálně jako organizovanou církev (nikoli ovšem kalvinisty či novokřtěnce). Katolíci a luteráni měli být napříště rovnoprávní: přijetím zásady „cuius regio, eius religio“ – čí víra, toho náboženství – přenesl augšpurský náboženský mír právo rozhodnout o vyznání země na jejího pána. V šedesátých letech se asi dvě třetiny německých zemí hlásily k luterství, které dále proniklo do polských a českých zemí a do Skandinávie. Ve stejné době se také vystupňovalo napětí mezi katolíky a kalvínskými „hugenoty“ ve Francii, kde vypukla občanská válka (která vyvrcholila masovým vražděním hugenotů o pověstné „bartolomějské noci“ 24. srpna 1572).
Mezitím však obnovený koncil z počátku šedesátých let přinesl nejhlubší změny pro příští vývoj Evropy. V reakci na protestantský ikonoklasmus se jednalo o očistci, o úctě ke světcům a jejich ostatkům i obrazům. Důležitý bod představovala také otázka svátosti manželství: za platná byla prohlášena výhradně ta manželství, která byla uzavřena před farářem a dvěma svědky. Nový manželský kodex umožňoval účinnější dozor nad soukromým životem a rodinou, která byla považována za zdroj pověr a podvratných tendencí. Od tridentského koncilu měly farnosti dbát na důsledné vedení matrik narození, sňatků a úmrtí.